Haji Mokhtar Ahmad mula berkhidmat di Pasir Mas sebagai Kadi Percubaan pada awal 1935, kemudian dilantik Naib Kadi pada akhir 1935 dan Kadi pertama di Pasir Mas sebelum 1939. Beliau telah dilantik sebagai anggota Jemaah Ulamak Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan (MAIK) pada 1935. Beliau kemudian menjadi Kadi Bachok (1939-1941) dan Kadi Kuala Krai (1941-1948). Setelah itu, beliau bergiat dalam politik di samping mengajar di Pondok Bunut Payung. Pada 1950, beliau dilantik sebagai Pengetua (Mudir) Kulliah Al-Lughah Waddin, Pekan oleh Sultan Pahang sehingga 1956.

Selepas menamatkan khidmat di kuliah tersebut, beliau dilantik sebagai Kadi Pekan sehingga merdeka. Beliau kemudiannya menjadi peguam syarie yang pertama di Kelantan mulai 1 Oktober 1957. Sepanjang tahun 1960-an, beliau berkhidmat pula sebagai Sheikh Haji di Pelabuhan Kelang. Setelah hampir 10 musim beliau menguruskan jemaah haji, pada awal 1970-an, beliau telah kembali ke Kota Bharu untuk berkhidmat di Pondok Bunut Payung terutama setelah kematian Tuan Guru Haji Abdullah Tahir pada 15 Ogos 1961 dan menantunya, Tuan Guru Haji Hussain Rahimi Mat Saman pada 17 November 1971. Di samping itu, beliau turut mengajar di Surau Jalan Raja Laut, Kota Bharu sehingga akhir hayatnya.